無特殊情況下，清洗北京全自動頂空進樣器主要用純水、甲醇或無水乙醇等沖洗或超聲清洗，污染嚴重可用棉簽輕輕擦拭，不可用力過度，避免破壞內表面產生活性點，然后放置到烘箱70度烘干后干燥冷卻密封存放即可。
北京全自動頂空進樣器清洗步驟如下：
1、北京全自動頂空進樣器設置傳送帶溫度為60℃，設置樣品定量管和傳送管溫度為Off。
2、一旦樣品定量管和傳送管溫度冷卻到低于60℃，關閉通往頂空進樣器的氣體，拆下出口端的放空管線。
3、在傳送帶中插入一個空的樣品瓶。
4、用手提起北京全自動頂空進樣器樣品瓶。
5、北京全自動頂空進樣器用一次性注射器抽取約6ml的純凈水注射進HSS放空管。
6、降低樣品瓶然后取出來。重復步驟3到5（注射兩到三次將清洗*）。
7、再設置一個空樣品瓶并提起，然后使用一次性注射器注射足夠的空氣將水吹掃出來。
8、將傳送管一端插入一個燒杯或類似容器中，并使用一次性注射器從HSS氣體管出口注入約10ml水，然后注入約10ml甲醇。
9、北京全自動頂空進樣器使用一次性注射器注射足夠的空氣以吹掃出水。
10、重新安裝好北京全自動頂空進樣器管線并打開氣流。然后，切換樣品瓶到Load-INJ反復幾十次以將水和甲醇全部吹出樣品閥和管線。

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